Periodo Precolombino
Los primeros habitantes en la provincia de Bocas del Toro eran indígenas Caribes los cuales procedían de Centro América, estos grupos ocupaban las islas antillanas y casi todo el litoral Atlántico. También cuenta la historia que un grupo de Nahuas procedentes de tierras mexicanas, se establecieron el valle Duy, que esta localizado al sur del río Sixaola.
Los indígenas Caribes se dividían a su vez en Viceitas y Gueteres, el primer grupo (los Viceitas), se establecieron al este del rió Sixaola; otros como los Zeguas al oeste del río Sixaola; podemos mencionar los Changuinos en la ribera occidental del río Changuinola de donde procede su nombre al igual que el Distrito. Los tenacas al oriente del río Changuinola; en el área del archipiélago de Bocas del Toro predominaban los Peruracas.
Los indígenas Dorasque, habitaron en los márgenes de los afluentes del río Changuinola. Además ocuparon las altas tierras entre el Volcán de Chiriquí y la costa Atlántica de la laguna de Chiriquí y las costa Atlántica de la laguna de Chiriquí Grande, se le conocieron como Chavilas y Tuliskics.
La mayoría de estos grupos étnicos no se les conoce donde se encontraban exactamente ni sus costumbres y características étnicas, todas estas tribus, desaparecieron paulatinamente, por el mal trato de los conquistadores españoles y las constantes guerras entre ellos mismos.
Periodo Colonial
Este periodo da inicio el 5 de octubre de 1502 con la llegada a costas bocatoreñas , en su cuarto y ultimo viaje Cristóbal Colón.
Posteriormente a la llegada de Colón, las tierras bocatoreñas fueron recorridas por el Gobernador de Veraguas, Don Felipe Gutiérrez, especialmente la bahía de Zorobará, este intento fundar una colonia en las cercanías del río Belén, pero esta no floreció y tuvo que ser abandonada.
En el año de 1539 se creó la audiencia de Panamá, presidida por Francisco Pérez de Robles, quién nombró a Hernán Sanchez de Badajoz, para que conquistara esta región. Un año después, Badajoz, llega a la desembocadura del río Sixaola, donde funda la ciudad de Badajoz y puerto de San Marcos, constituyéndose así, en la primera ciudad fundada en la provincia de Bocas del Toro, la misma duro poco tiempo debido a los ataques constantes de los indígenas.
Ese mismo año Badajoz, construyo una fortaleza a la que denominó Marbella. Se encontraba cerca de la Bahía de Almirante. Tampoco prosperó debido a que el Gobernador de Nicaragua, sostenía que estaba en territorio de su jurisdicción. Este armo una expedición que sitio la ciudad de Marbella, Badajoz tuvo que rendirse y posteriormente fue enviado a España ante el Rey Carlos V. para el año de 1560, hubo otro intento por conquistar la región. . El clérigo Juan de Estrada y Ravágo, Vicario general de Costa Rica, preparó una expedición que llegó a la bahía de San Jerónimo o Bocas del Toro, donde fundó la ciudad de Castilla de Austria, tampoco surgió.
Periodo Republicano
En atención al decreto del 30 de mayo de 1836 el gobierno de la Nueva Granada, se dio a la tarea de organizar provisionalmente la administración política de Bocas del Toro, considerando la existencia de un gran número de extranjeros en la región. En el canal del Drago, fue designado un funcionario con atribución de jefe Político.
En enero de 1837 el gobierno de la Nueva Granada procedió a la ocupación militar del puerto de Bocas del Toro, con la unión de los distritos parroquiales del Mineral y Bocas del Toro.
Una aparente importancia por esa región de parte del gobierno granadino, parece desprenderse del proyecto de construir en 1839 un camino de herradura que uniese el cantan de Alanje con el de Bocas del Toro.
La ley 13 del 2 de junio de 1843 del gobierno granadino "Sobre organización y Régimen Especial del Territorio de Bocas del Toro, volvió a establecer un reordenamiento de esta región y recomendó levantar fortificaciones en los lugres que fueran convenientes.
En 1850 y también mediante Ley del Senado de la Nueva Granada, suprimió el territorio de Bocas del Toro y se incorporo a la provincia de Chiriquí.
